斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
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内向的太空公主萨伊拉被迫离开她的家乡克利托波利斯星球，展开了一段跨越星际的彩虹任务，目的是拯救被直白族马里恩人绑架并勒索赎金的前女友。
该动画讲述了执行官狡噛慎也在与监视官常守朱、同事征陆智己、縢秀星、六合冢弥生的合作下，制服了一个又一个险恶的犯罪分子，但狡噛慎也在执行任务的同时，对全靠数据说话的系统产生了怀疑的故事。
